Topkapusu Sarayının en eski yapılarından biri idi; saray yapılarını bir at nalı gibi çevirmiş büyük Has Bağçede, Bizans devrinden kalma yalı boyu kale duvarlarının üstünde, Salacık - Selimiye’nin karşısında, Boğaz ağzına ve Marmaraya nezâreti olması gereken bir köşk idi, İkinci Sultan Bayazıd tarafından yaptırılmış, on altıncı asır sonlarında yeniden yapılırcasına tâmir edilmiş, geçen asır ortalarında da, yanındaki İncili Köşk (Sinanpaşa Köşkü) ile berâber yıktırılmıştır. Bugün İncili Köşkün yeri kesin olarak belli ise de İkinci Sultan Bayazıd köşkünün yerini tesbit etmek imkânsızdır. On altıncı asrın büyük müverrihlerinden Selânikli Mustafa Efendi, Has Bağçede Sultan Bayazıd Kasrının yanında, pâdişahlara mahsus meşhur yeşil boyalı kadırgaların yapıldığı hususî bir tersânenin yapıldığını kesin olarak kaydediyor (B.: Baştarda, hünkâr baştardası; Bayazıd Kasrı Tersânesi). Bu gün bu tersânenin yeri de mâlum değildir. Magnisada vâli iken babası İkinci Sultan Selimin ölüm haberi ile sâdırazam Sokullu Mehmed Paşadan taht dâvetnâmesini alan Üçüncü Sultan Murad hemen İstanbul yolunu tutmuş ve Mudanya İskelesinde hünkâr baştardasını beklemeden Nişancı Feridun Beyin buz gemisine binmişdi; yolda lodos fırtınasına tutuldu, çok muzdarib oldu, gece zifiri karanlıkda İstanbulda saray rıhtımına ...

Topkapusu Sarayının en eski yapılarından biri idi; saray yapılarını bir at nalı gibi çevirmiş büyük Has Bağçede, Bizans devrinden kalma yalı boyu kale duvarlarının üstünde, Salacık - Selimiye’nin karşısında, Boğaz ağzına ve Marmaraya nezâreti olması gereken bir köşk idi, İkinci Sultan Bayazıd tarafından yaptırılmış, on altıncı asır sonlarında yeniden yapılırcasına tâmir edilmiş, geçen asır ortalarında da, yanındaki İncili Köşk (Sinanpaşa Köşkü) ile berâber yıktırılmıştır. Bugün İncili Köşkün yeri kesin olarak belli ise de İkinci Sultan Bayazıd köşkünün yerini tesbit etmek imkânsızdır. On altıncı asrın büyük müverrihlerinden Selânikli Mustafa Efendi, Has Bağçede Sultan Bayazıd Kasrının yanında, pâdişahlara mahsus meşhur yeşil boyalı kadırgaların yapıldığı hususî bir tersânenin yapıldığını kesin olarak kaydediyor (B.: Baştarda, hünkâr baştardası; Bayazıd Kasrı Tersânesi). Bu gün bu tersânenin yeri de mâlum değildir. Magnisada vâli iken babası İkinci Sultan Selimin ölüm haberi ile sâdırazam Sokullu Mehmed Paşadan taht dâvetnâmesini alan Üçüncü Sultan Murad hemen İstanbul yolunu tutmuş ve Mudanya İskelesinde hünkâr baştardasını beklemeden Nişancı Feridun Beyin buz gemisine binmişdi; yolda lodos fırtınasına tutuldu, çok muzdarib oldu, gece zifiri karanlıkda İstanbulda saray rıhtımına çıkıldığında perişan bir halde idi, Sokolluya haber gönderildi, Vezir gelinceye kadar yeni pâdişah Sultan Bayazıd köşkünde bekleyip dinlendi (B.: Murad III. ). Birinci Sultan Ahmedin cülûsu sırasındaki vak’aları naklederken (1603) Kâtib Çelebi bir münâsebetle Sultanbayazıd köşkünden bahsediyor: “Cülûsu hümayun günü Kapdan Cağalazâde Sinan Paşa dahi Donanmâyı Hümâyun ile Akdenizden gelip ferman üzere lebi deryâda Sultan Bayazıd köşküne yanaşıp şerefi dâmen bûs ile müşerreb oldukda hil’ati fâhire ile nüvaziş buyuruldu”. Yine ayni müverrih ayni pâdişahın zamanında ve hicri 1014 vak’aları arasında Sultan Bayazıd köşkünde geçmiş kanlı bir sahneyi şöylece anlatıyor: “Ramazanın başlarında (Ocak 1606), bir gün Yeniçeriler ve ertesi gün sipâhiler ulûfe ve çuha ve harac defterlerini isteyüb çarba içmeyiz diye söylendiler. Bâbıhümayun dışında ağalarını taşladılar, defterdara bâzı nâ sezâ sözler söylediler. Ulûfede vezincilerden kâtibden şikâyetle azil ettirdiler. Azil edilen Kargazâde adamlarının azline sebeb bir şey yok idi, niçin oldu diye fitneyi tekrar körükledikleri pâdişaha aksetti. Ramazanın yirmi üçüncü günü seher vakti (1 Şubat 1606) pâdişahın emri ile vezirler, bölük ağaları ve bölük kâtibleri ve askerin ihtiyarlarından bâzı kimseler Sultan Bayazıd köşkünde toplandı. Sultan Ahmed (o târihde henüz 16 yaşında), sırtına kırmızılar giymiş, içeri gazablı olarak girdi, sert bir lisan ile; — Ben size hat gönderdim, defterdar bir kaç güne dek gelir, ulûfeleriniz çıkar ve harac defterleri kanun üzere dağıtılır dedim, itibar etmeyüz kapu önünde yapdığınız edepsizlik nedir? Aranızda bu küstahlığa cür’et edeni çıkarın! dedi. Hiç biri cevab veremedi. Sağ azebler ağası ileri gelüb: — Pâdişâhım!. Haremi Hümâyunda yetişmiş olan kulların bunun gibi fiile mübâseret etmemiştir, bu cür’eti bölüğe çıkan yabancılar etmiştir!.. cevâbını verdi. Pâdişah fesada ön ayak olanların isimlerini sayarak: — İçinizde bunlar kimdir?.. Deyince Vezir birer birer gösterdi. Pâdişah hemen haklarından gelinmesini emretti. Silâhdarbaşı Şehbaz Ağa ve Sipâhiler kâtibi Kargazâde ve Yekçeşim Mahmud Efendi hemen cellâda verilip katledildiler. Atlı mukaabelecisi Cûşî Efendi bir mermer sütûna sarıldı, Vezirler şefaat etti, kurtuldu. Sipâhiler Kethüdâsı Müstedam Kethüda da şefaatle kurtuldu. Pâdişah yine sert bir lisan ile: — Bir daha haddinizi tecâvüz iderseniz cümlemizin hakkından gelinir!. dedi. Huzurda bulunanlar dağılır iken îdam edilenlerin secedleri de sırtlarına verilip kendilerine kaldırtıldı”.