Onaltıncı asır ulemasından bir zat olup fâil veya fâilleri meçhul bir cinayetin kurbanı olmuş. Vak’a İstanbulda büyük bir teessür ve heyecan uyandırmıştı. Bir ara Galata ve Üsküdar Kadılıklarında bulunmuş olan Bakâi Efendi halk ile temastan çekinir, inzivâyı şöhrete tercih etmiş, edib, şair, zarif bir zât idi. Üçüncü Sultan Murada şehzadeliğinde hocalık yapmış, devrin vezirlerinden çoğunun da hocasıydı. Fakat ne Sarayı Hümâyuna gider ve ne de eski talebe vezirlerinin eşiğini aşındırırdı. Hicrî 1003 yılı rebîülâhirinin sonlarında idi, (Milâdî 1594 aralık ayının sonları) bu kendi halinde âlim adamın fecî bir cinayete kurban olduğu haberi yayıldı. Kütüphanesinin yanındaki yatağında saçı, sakalı ve yüzü yanıp kavrulmuş, ölmüştü. Şamdan önünde mütalâa ile meşgul iken sakalının tutuştuğu, alevin saçlarını da alarak Bakaî Efendiyi öldürdüğü intibâını veriyorsa da bir cinayetten şüphelenildi; İstanbul halkı ağzında türlü dedikodu dolaştı, devrin müverrihi Selânikli Mustafa Efendinin de kaydettiği gibi bilhassa “avret ihânetidir” denildi; fakat suçluyu ortaya çıkartacak deliller bulunamadı.